Qué hacer si un empleado lleva más de 90 días de baja: guía práctica para empresas

Una baja por incapacidad temporal de larga duración requiere algo más que esperar a que llegue el alta. Para la empresa, es un momento para revisar la situación laboral, organizar la cobertura del puesto y conocer qué decisiones pueden tomarse y cuáles requieren especial cautela.

¿Qué ocurre cuando una baja supera los 90 días?

Cuando una persona trabajadora permanece en situación de incapacidad temporal (IT) durante varios meses, la empresa debe distinguir entre la duración de la ausencia y las decisiones que jurídicamente pueden adoptarse. Si quieres profundizar en la parte preventiva, puedes consultar también nuestra guía sobre cómo gestionar ausencias largas dentro de la plantilla. Superar los 90 días puede ser un buen momento para revisar el expediente laboral y planificar la gestión de la ausencia, pero no significa que el contrato pueda darse por terminado por el simple hecho de que la baja sea larga.

Con carácter general, la Seguridad Social establece para la incapacidad temporal por enfermedad o accidente una duración de 365 días, prorrogables por otros 180 cuando se prevea que durante ese periodo puede producirse el alta médica por curación. A partir de los 365 días, el INSS adquiere un papel central en las decisiones médicas previstas por la normativa.

¿Qué debe hacer la empresa?

¿Se puede despedir a un empleado que lleva de baja más de 90 días?

Esta es una de las dudas más habituales. La respuesta no depende únicamente del número de días de baja. La duración de la incapacidad temporal no convierte por sí sola la ausencia en una causa automática de despido. Si la empresa estudia una extinción, debe identificar una causa legal concreta, acreditar los hechos que la sustentan y cumplir los requisitos formales correspondientes.

Además, la Ley 15/2022, de 12 de julio, incluye la enfermedad o condición de salud entre las circunstancias protegidas frente a la discriminación y extiende esa protección al empleo, incluyendo la suspensión, el despido y otras causas de extinción. Por ello, antes de tomar una decisión relacionada con una persona en situación de baja, es especialmente importante revisar las circunstancias concretas del caso.

¿Qué pasa si la baja se prolonga hasta una incapacidad permanente?

Si la incapacidad temporal termina con una declaración de incapacidad permanente, el escenario cambia y debe analizarse conforme a la regulación vigente. Desde la reforma introducida por la Ley 2/2025, la declaración de incapacidad permanente total, absoluta o gran incapacidad ya no implica automáticamente la extinción del contrato.

La normativa contempla la posibilidad de realizar ajustes razonables o de cambiar a un puesto vacante y compatible con la nueva situación de la persona trabajadora. La extinción puede plantearse cuando esas alternativas no sean posibles en los términos previstos legalmente, entre otros supuestos establecidos por la norma.

Errores frecuentes que conviene evitar

• Esperar a que pasen 90 días para empezar a revisar la situación. La planificación debería comenzar desde el inicio de una ausencia prolongada.
• Confundir baja larga con causa automática de despido. Son cuestiones jurídicas distintas.
• Ignorar el convenio colectivo. Puede establecer obligaciones o mejoras específicas.
• Tomar decisiones sin revisar el riesgo de discriminación. La enfermedad y la condición de salud están protegidas por la normativa de igualdad de trato.
• No preparar la reincorporación. Una buena gestión también consiste en facilitar que el regreso al puesto se produzca de forma ordenada.

Una gestión preventiva evita problemas posteriores

Una baja de larga duración no debería gestionarse únicamente cuando aparece un problema. Para la empresa, contar con procedimientos internos claros permite controlar la documentación, coordinar la sustitución, revisar las obligaciones económicas y convencionales y preparar con tiempo los posibles escenarios.

En especial cuando la situación se acerca a los 365 días, resulta conveniente revisar el expediente con asesoramiento laboral para entender qué actuaciones corresponden y qué decisiones pueden plantearse en función de la evolución del caso. Cada situación es diferente y los efectos jurídicos pueden depender de la causa de la baja, el convenio aplicable, la situación médica-administrativa y las circunstancias concretas de la relación laboral.